La presencia de las Franciscanas Misioneras en Madrid se remonta a 1912, en un proyecto hospitalario para niños tuberculosos. En 1926 crean un centro obrero y cultural para atención ambulatoria de jóvenes. Ya en 1935 se construye el primer edificio hospitalario, que quedará bajo la tutela propia de las Franciscanas en 1940,
bajo la protección de San Francisco de Asís.